超聲波除藻設備由兩部分組成，即主機與超聲波探頭。主機由交流220V供電，在給主機供電之前，請先將主機的電源開關置于關閉狀態（置于OFF位置），然后將超聲波探頭接到主機上，主機與超聲波探頭之間通過航空插頭連接，把超聲波探頭的航空插頭插到主機航空插座CH1處，插牢擰緊。超聲波探頭置于水中，注意要將探頭全部沒入水中，再把主機的電源插頭插好。
打開主機電源開關，電源開關旁邊的電源指示燈長亮。在探頭插座旁邊的LED指示燈，是探頭工作狀態指示燈，在正常情況下，主機工作時，LED指示燈會閃亮。
超聲波除藻設備的發射探頭是全密封的防水的，工作時，探頭要沒入水中，請使用適當的方式，使探頭懸浮于水下10cm左右處，探頭的方向與水面平行，探頭的正面朝向開闊水域。
目前超聲應用的研究已經證明了超聲波可以激活生物細胞，促進代謝。較低強度的超聲波不會破壞細胞的完整結構，卻可以增強細胞的代謝活動及增加細胞膜的透性和選擇性，同時促進酶的生物催化活性。較高強度的超聲波作用則可使酶變性，使細胞內含膠體物受強烈振蕩后發生絮凝沉淀、凝膠發生液化或乳化，從而使細菌失去生物活性。此外，超聲波空化產生的瞬間高溫及溫度變化、瞬間高壓和壓力變化，使液體中某些細菌致死，病毒失活，甚至使體積較小的一些徽生物的細胞壁破壞。更高強度的超聲波可以破壞細胞壁，從而使細胞內物質釋放出來，這些生物效應也同樣適用于超聲波對獲體的作用。由于藻類細胞結構的特殊性，超聲除藻還有一項特別的機理，就是利用藻細胞內的氣囊作為空化泡的空化核，在空化泡破裂時打破氣囊而導致藻細胞失去控制浮動的能力。
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